La Plataforma de Biología Computacional (PBC) del IIS Biodonostia proporciona servicio a la OSI Donostialdea y la comunidad de ciencias de la salud en general. Provee una visión global del análisis de datos siguiendo las buenas prácticas de investigación, desde el diseño experimental, análisis de datos, análisis estadístico, visualización, preparación de publicaciones de investigación, respuestas a los revisores y el depósito de los datos económicos en bases de datos públicas.
La Plataforma cuenta con más de 90 publicaciones en revistas de alto impacto como Science (Moore et al, 2015), Naturaleza (Knobloch et al, 2013; Ko et al, 2010; Kim et al, 2009; Kim et al, 2008), Nature Cell Biology (Ohnishi et al, 2014; Esch et al, 2013; Han et al, 2011), Cell (Han et al, 2010; Singhal et al, 2010; Kim et al, 2009), Cell Stem Cell (Rao et al, 2016; Song et al, 2016; Kubaczka et al, 2015; Han et al, 2012; Ko et al, 2009).
La Plataforma ofrece soporte de análisis de datos en colaboración en proyectos de investigación tanto para la secuenciación masiva de datos (NGS) y microarrays:
Análisis de datos de secuenciación masiva NGS
La Plataforma ha desarrollado procesos, canales y programas para analizar grandes conjuntos de datos biológicos. El análisis incluye la evaluación de calidad de los datos, el análisis exhaustivo, interpretación de resultados y la comunicación y presentación en diversos formatos.
También desarrolla algoritmos a medida para los proyectos que lo requieran.
Algunos de los diversos tipos de análisis de datos NGS que realiza son:
Secuenciación del genoma completo.
Transcriptoma basado en cADN, descubrimiento y análisis de pequeños RNA (RNA-Seq).
Secuenciación de fragmentos de ADN aislados por inmunoprecipitación cromosoma (ChIP-Sec) para la búsqueda de uniones al ADN de factores de transcripción y el análisis de señales de cromatina.
Descubrimiento de superenhancers.
Detección de metilación del ADN (Meth-Sec) tanto de secuenciación completa de bisulfito (WGBS) como de representación reducida de bisulfito (RRBS).
Variant calling.
Análisis de datos de microarrays
La Plataforma lleva a cabo análisis de datos de microarrays de Affymetrix, Agilent, Illumina, Roche NimbleGen (entre otros) para:
Expresión génica.
Expresión de microRNAs.
Metilación del ADN.
Análisis de variación de número de copia (CNV).
La Plataforma de Biología Computacional está especializada en la integración de diversos conjuntos de datos genómicos, proteómicos, metabolómicos con información de imágenes biomédicas.
Colaboración en investigación
La Plataforma ofrece colaboraciones basadas en proyectos financiados a través de proyectos de investigación conjuntos o de pago por servicios. El personal de la Plataforma participa actualmente en múltiples colaboraciones de investigación.
La PBC ofrece la posibilidad de llevar a cabo nuevas colaboraciones y trabajar para solicitar financiación conjunta. Ofrece además apoyo conjunto para proyectos de investigación multidisciplinar a gran escala.
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