Las actividades que desarrolla el IIS Biogipuzkoa están alineadas con el PCTI 2030 y la Estrategia de Especialización Inteligente RIS3 (Salud Personalizada) y se recogen en su Plan Estratégico de I+D+i 2021-2025 y en los Ejes Estratégicos concretos que se definen en el mismo.
Así, el IIS Biogipuzkoa, en el marco del Plan Estratégico de I+D+i 2021-2025 y como agente de la RVCTI persigue desarrollar sus Ejes Estratégicos de Investigación Traslacional, Innovación y Medicina Tecnológica, Internacionalización y Gestión e Infraestructuras, que movilizan todos los recursos del propio Instituto y de la OSI Donostialdea principalmente para el desarrollo de actividades de investigación, desarrollo e innovación, con la colaboración de otros agentes de la RVCTI y empresas.