El Biobanco Vasco tiene una organización y estructura en red compuesta por nodos emplazados en los principales centros sanitarios, públicos y privados del País Vasco, estando su estructura constituida, en cumplimiento de lo establecido al efecto por la Ley 14/2007 de Investigación Biomédica, por un Director Científico, un Responsable de Fichero, un Comité Ético y un Comité Científico. El IIS Biogipuzkoa forma parte de esta red y cuenta con una Unidad de ADN localizada en su primera planta del Instituto, así como una Unidad de Tejidos (tumores y cerebros) ubicada en Planta -1 del Edificio Materno-Infantil del Hospital Universitario Donostia (OSI Donostialdea).

El Biobanco Vasco fue creado por la Fundación Vasca de Innovación e Investigación Sanitarias (BIOEF), dependiente del Departamento de Salud del Gobierno Vasco, como un instrumento que permita al Sistema Sanitario del País Vasco el desarrollo de una investigación avanzada en biomedicina y biotecnología, mediante la gestión de muestras biológicas clasificadas y datos asociados (BOPV DECRETO 135/2015, de 7 de julio, ORDEN de 13 de julio de 2015, Instrucción de Osakidetza 6/2016 de 29 de febrero 2016).

Se recoge como excedentes de diagnóstico o solicitados con fines de investigación, y con el previo consentimiento informado del donante, todo tipo de muestras, principalmente tejidos oncológicos y neurológicos y muestras biológicas sanguíneas para la obtención de diferentes productos como suero, plasma, ADN, ARN, células etc. También se procesan otros tipos de muestras como orina, saliva etc.