En 2003 se publicó la secuencia completa del genoma humano y hasta la fecha se ha publicado igualmente la secuencia completa de cientos de organismos, ofreciendo la posibilidad de caracterizar la función de los genes descubiertos en estos organismos mediante el análisis de los perfiles de expresión génica con microarrays, el análisis fenotípico de mutantes o el análisis de interacciones proteicas. También posibilita la caracterización de microsatélites o polimorfismos de nucleótidos (SNPs) y mutaciones asociados a determinados fenotipos.
En la actualidad numerosos grupos de investigación están involucrados en proyectos que incorporan estudios genéticos. En este sentido, la Plataforma Genómica del Instituto de Investigación Sanitaria Biogipuzkoa se ha establecido con el fin de proporcionar tanto el conocimiento como el equipamiento necesarios a la comunidad científica para poder llevar a cabo sus investigaciones.
La Plataforma Genómica ofrece asesoramiento e interacción con el personal investigador para la implementación de las técnicas de genómica y transcriptómica más adecuadas a los problemas biológicos en estudio y diseño y/o refinamiento de nuevos abordajes experimentales. Para ello dispone de personal cualificado, de técnicas y equipos más avanzados en la secuenciación, genotipado y análisis de expresión y de un laboratorio diseñado siguiendo las recomendaciones de las buenas prácticas de laboratorio.
La Plataforma Genómica del IIS Biogipuzkoa es agente referente para la utilización de la tecnología Ion Torrent.
La plataforma gestiona sus procesos siguiendo las directrices de la Norma UNE-EN ISO 9001:2015 estando su Sistema de Gestión de Gestión de la Calidad certificado por AENOR, lo que supone un valor añadido a la labor desempeñada por la Plataforma, sobre todo de cara a los peticionarios externos de sus servicios, aportando confianza sobre el grado de Calidad que se aplica en el tratamiento de sus solicitudes.
Servicios
Los distintos servicios se ofrecen bien en modo de servicio autónomo, previa acreditación por parte del usuario de su experiencia; o bien delegándolos en el personal del servicio.
Los secuenciadores ABI Prism 3130 y PGM-Ion Torrent son de utilización exclusiva del personal del servicio y como tal siempre se delegará la experimentación.
Póngase en contacto con la responsable de la Plataforma Genómica para un presupuesto personalizado de cada proyecto y los servicios que requiera: plataforma.genomica@bio-gipuzkoa.eus .
Secuenciación Sanger
La secuenciación de ADN es el proceso de lectura de las bases de los nucleótidos en una molécula de ADN. Durante más de 25 años los secuenciadores han contribuido en grandes avances científicos como la primera secuenciación completa del genoma humano y el descubrimiento de gran cantidad de genes implicados en diferentes enfermedades.
La secuenciación Sanger mediante la electroforesis capilar es el mayor estándar de calidad dentro de la secuenciación de ADN siendo empleado en gran cantidad de experimentos en los laboratorios científicos.
Oferta de servicios:
- Secuenciación simple. Fragmentos de 100-500 pb.
- Secuenciación larga. Bajo consulta con el responsable. Fragmentos entre 1100-1300 pb.
- Análisis de Fragmentos.
- Kits comerciales compatibles con el aparato.
El servicio de secuenciación incluye carrera en el AIB Prism 3130, control de calidad y envío de resultados, purificación del producto de PCR (opcional), la reacción de secuenciación y su purificación (opcional).
Requisitos de las muestras y entrega de los resultados de las muestras de secuenciación
Tarifas de los servicios de secuenciación de la plataforma de genómica del IIS Biogipuzkoa
Secuenciación masiva (PGM – Ion Torrent)
La digitalización de la información genética (ADN) junto con un array masivo de sensores paralelos, permite una secuenciación rápida y precisa. Esta nueva tecnología tiene entre otros las siguientes aplicaciones: secuenciación completa de genomas reducidos y virales, secuenciación mitocondrial, secuenciación y cuantificación de microRNAs, secuenciación de kits a la carta con genes de interés.
Datos técnicos:
- PGM.
- OneTouche 2 y OneTouche ES.
- Sonicador 50Hz.
- Termociclador (Life Technologies).
- Espectrofotómetro Qubit.
- Cubeta de electroforesis E-Gel base.
Póngase en contacto con la responsable de la Plataforma Genómica para un presupuesto personalizado para cada proyecto y los servicios que requiera de secuenciación masiva – PGM: plataforma.genomica@bio-gipuzkoa.eus .
La Plataforma Genómica del IIS Biogipuzkoa es agente referente para la utilización de la tecnología Ion Torrent.
Microarrays
La tecnología de ADN Microarray permite a los investigadores analizar la expresión de muchos genes en una sola reacción de forma rápida y eficiente.
Miles de sondas (con identidad conocida) se inmovilizan sobre un soporte sólido. Un experimento típico de microarrays implica la hibridación de ARNm (de su cDNA) al ADN homólogo en el array. La cantidad de mRNA unido a cada sitio en el array indica el nivel de expresión de los diferentes genes.
Oferta de servicios:
Se oferta el uso de la plataforma para arrays de expresión.
El servicio de microarrays puede ser de uso de la máquina, en cuyo caso el usuario deberá demostrar su capacidad de utilización de la plataforma en su totalidad y será su responsabilidad obtener todo el fungible y material necesario; o puede ser de contratación del servicio completo, en cuyo caso el usuario sólo tendrá que entregar las muestras y la información necesaria para el proyecto.
Tarifas de los servicios de microarrays de la plataforma genómica del IIS Biogipuzkoa
Datos técnicos:
- Plataforma GeneChip Affymetrix.
- Horno hibridación: GeneChip Hybridization Oven 640.
- Lavados y tinción: GeneChip Fluidics Station 450.
- Lectura: GeneChip Scanner 3000.
PCR a tiempo real
La Plataforma Genómica ofrece la solución íntegra desde el procesamiento del microarray hasta el servicio de validación de sus resultados a través de otras metodologías como la PCR a tiempo real.
La PCR a tiempo real o PCR cuantitativa es una variación de la PCR estándar utilizada para la cuantificación de ADN o de ARN mensajero (mRNA) de una muestra. Utilizando cebadores específicos de secuencia es posible determinar el número de copias o la cantidad relativa de una determinada secuencia de ADN o ARN.
Oferta de servicios:
Se oferta el uso de la tecnología de PCR cuantitativa para cualquiera de las aplicaciones posibles. El servicio puede ser de uso de la máquina, el usuario conocedor de la técnica e instrumentos corre una placa preparada por él mismo; o bien unido a una asistencia técnica y de diseño de la tecnología.
El apoyo metodológico incluye asesoramiento en el diseño de los experimentos así como dudas en el proyecto que pueden ser consultados con el responsable. Se ofrece igualmente la posibilidad de utilizar el fungible y material necesario de la misma plataforma y preparar las placas en la misma o utilizar material obtenido por el usuario.
Tarifas de los servicios de PCR a tiempo real de la plataforma genómica del IIS Biogipuzkoa
Datos técnicos:
- Sistema “LightCycler 96 (LC96) (Roche): bloque 96”.
- Sistema “CFX96 Touch (BioRad): bloque 96”.
- Sistema “CFX384 Touch (BioRad): bloque 384”.
Diseño de cebadores-sondas para PCR a tiempo real y links de interés
PCR digital
La PCR digital (Droplet Digital polymerase chain reaction – ddPCR) fue desarrollada para obtener una cuantificación precisa y absoluta de secuencias diana con una amplia aplicación tanto en la investigación como en el diagnóstico clínico.
El sistema ddPCR QX200 (BioRad) combina la tecnología de gotas de emulsión de agua-aceite con la microfluídica. El generador de gotas crea hasta 20.000 particiones o gotas para poder amplificar la muestra por PCR en cada una de las gotas. La lectura de las gotas fluorescentemente positivas y las negativas permite calcular la concentración del DNA.
La ddPCR ofrece los beneficios de una cuantificación absoluta junto a una elevada sensibilidad. Como consecuencia, se encuentran en alza aplicaciones como la cuantificación absoluta sin curva patrón, alteraciones genómicas como la variación del número de copias del gen (copy number variation – CNV), secuencias raras, expresión de genes y análisis de microARN, secuenciación masiva –NGS- (cuantificación de librerías; validación de resultados) y análisis de célula única.
Oferta de servicios:
Se ofrece la posibilidad de utilizar el fungible y material necesario de la misma plataforma y preparar las placas en la misma o utilizar material obtenido por el usuario.
Tarifas de los servicios de PCR digital de la plataforma genómica del IIS Biogipuzkoa
Datos técnicos:
- QX200 reader.
- C1000 Touch thermal cycler.
- QX200 droplet generator.
- PX1 PCR plate sealer.
Análisis de calidad y cuantificación de ARN y ADN
Nuestra plataforma ofrece una amplia gama de instrumentos para la detección y cuantificación precisa de ácidos nucleicos como el ADN y ARN en base a las necesidades del investigador.
Oferta de servicios:
Se oferta el uso del bioanalizador, espectrofotómetro y fluorómetro siempre que el usuario demuestre su capacitación; o la petición de servicio completo.
Póngase en contacto con la responsable del servicio para confirmar la disponibilidad de los equipos y ensayos asociados.
Datos técnicos:
- Bioanalizador 2100 (Agilent).
Se trata de una plataforma basada en la microfluídica que permite el análisis electroforético en solo 30 minutos de 11 ó 12 muestras de ARN, ADN o proteínas.
La combinación de los chips de ARN y el software permite determinar con gran fiabilidad tanto la cantidad como la integridad del ARN total y del ARN mensajero (UNAM), utilizando mínimas cantidades de muestra. Dada la rapidez, sensibilidad y precisión de los resultados, el bioanalizador se ha convertido en requerimiento esencial para determinar la calidad de las muestras de ARN previamente al experimento de microarrays de expresión génica, dada su mayor fiabilidad frente a los geles de agarosa o poliacrilamida. También es de gran utilidad para la cuantificación y visualización del perfil de librerías NGS.
- Espectrofotómetro ND-1000 (Nanodrop).
Mide muestras de 1µl con gran precisión y reproducibilidad para medir proteínas purificadas como ADN y ARN, revelando la posible presencia de contaminantes. Asimismo tiene la capacidad de medir muestras muy concentradas sin tener que diluirlas.
- Fluorómetro Qubit (Invitrogen).
Instrumento analítico para la cuantificación de ADN, ARN y proteínas con una sensibilidad y precisión mayor que la medida de absorbancia de UV. El fluorómetro funciona con los kits de ensayo propios de Qubit.
El fluorómetro Qubit puede ser empleado junto al espectrofotómetro Nanodrop para determinar la concentración de ADN o ARN. El fluorómetro permite cuantificar de manera precisa la molécula objetivo y el espectrofotómetro indicar si hay contaminantes.
Escáner Typhoon
Este escáner de alta definición produce imágenes digitales a partir de muestras fluorescentes, quemiluminescentes o radioactivas. Está especialmente indicada entre otras aplicaciones, para el escaneado de geles bidimensionales-DIGE.
Se oferta el uso del escáner, siempre que el usuario demuestre su capacidad de utilización del aparato; o la petición de servicio completo.
Datos técnicos:
- Typhoon TRIO, Variable Mode Imager (GEHealthcare).
Link a Manual y especificaciones.
Lector Multiple MAGPIX (Luminex)
MAGPIX es una plataforma versátil con capacidad de realizar múltiples análisis cualitativos y cuantitativos de proteínas y ácidos nucleicos en una variedad de muestras. La posibilidad de realizar hasta 50 determinaciones en un único volumen de reacción reduce al mínimo la cantidad de partida, reactivos y mano de obra, lo que convierte a este sistema en una alternativa mejorada de los ensayos ELISA.
El sistema MAGPIX utiliza tecnología Luminex cuya base son las microesferas magnéticas y que permite la captura y detección de múltiples y específicos analitos de una muestra simultáneamente.
Además de poder testar ensayos propios, el mercado ofrece una amplia batería de ensayos desarrollados por los socios de Luminex:
Oferta de servicios:
Tarifas de los servicios del lector múltiple MAGPIX de la plataforma de genómica del IIS Biogipuzkoa
Datos técnicos:
- Merck Millipore.
- Tecnología xMAP.
- Lector placa 96.
Autentificación de líneas celulares humanas
Se estima que entre el 18%-36% de las líneas celulares utilizadas en investigación biomédica sufren contaminación cruzada. Como consecuencia, una gran cantidad de trabajos publicados son erróneos y cada vez son más las revistas científicas que exigen a los investigadores autentificar sus células para publicar sus artículos. (Consultar el servicio de la plataforma de Cultivos Celulares para recomendaciones).
El Sistema GenePrint® 10 System de Promega permite la identificación y autentificación de líneas celulares humanas así como la detección de contaminación intraespecie. Este sistema utiliza el análisis de STRs (microsatélites) de loci específicos dentro del Genoma Humano que se amplifican simultáneamente y se marcan fluorescentemente con diferentes fluorocromos. Los perfiles obtenidos se comparan con los publicados para esa línea celular en la base de datos de la ATCC y DSMZ.
Los usuarios deberán traer al servicio un pelet con unos 0,5-1 millones de células.
Genotipado de ratones
El Servicio de Genómica del IIS Biogipuzkoa ofrece el servicio completo de genotipado de ratón. Nos ocupamos del chipado de las crías de ratón, extracción de ADN, amplificación por PCR y análisis en geles de agarosa. Los resultados obtenidos se envían por correo electrónico al usuario.
Oferta de servicios:
Los usuarios deberán proporcionar al personal del servicio información sobre las secuencias de los oligos a emplear, las condiciones de la PCR y los tamaños de los fragmentos esperados. Además se proporcionarán muestras de DNA o animales control para los diferentes genotipos esperados.
Las distintas tarifas contemplan la posibilidad de incluir o no el chipado de los ratones, así como de ensayos con una sola PCR o dos.
El usuario aportará en todos los casos los reactivos y oligos para las PCRs e igualmente correrá con los gastos generados desde la Plataforma del Animalario y Quirófano Experimental así como con los de los geles de agarosa.
Tarifas de los servicios de genotipado de ratones de la plataforma de genómica del IIS Biogipuzkoa
Datos técnicos:
Este proceso no precisa de equipación específica más allá de la común del laboratorio.
Biología computacional
Así mismo, la Plataforma de Biología Computacional del IIS Biogipuzkoa ofrece sinergias y una ampliación del trabajo realizado desde las plataformas de genómica y diagnóstico molecular al analizar grandes conjuntos de datos biológicos que incluye la evaluación de calidad de los datos, el análisis exhaustivo, interpretación de resultados y la comunicación y presentación en diversos formatos.
Consulte con el responsable de la plataforma las características y condiciones de su servicio.
Tarifas
Póngase en contacto con la responsable de la Plataforma Genómica para un presupuesto personalizado de cada proyecto y los servicios que requiera: plataforma.genomica@bio-gipuzkoa.eus
Formulario de solicitudes
Póngase en contacto con la responsable de la Plataforma Genómica para un presupuesto personalizado de cada proyecto.
Para solicitar los diferentes servicios de la plataforma genómica se debe enviar por email a plataforma.genomica@bio-gipuzkoa.eus el formulario de solicitud correspondiente debidamente cumplimentado, previa entrega de las muestras. La primera vez que se realice una petición habrá que facilitar los datos de facturación a la misma dirección.
F01_08_ 05_2 Formulario de solicitud de servicios
