Biogipuzkoa OIIko Biologia Konputazionaleko Plataformak (BKP) zerbitzua eskaintzen die Donostialdea ESIko zerbitzuei eta osasun-zientzien komunitateari oro har. Datu-analisiaren ikuspegi globala eskaintzen du ikerketako jardunbide egokiei jarraituz, barnean hartuta diseinu esperimentala, datu-analisia, analisi estatistikoa, bistaratzea, ikerketa-argitalpenak prestatzea, zuzentzaileei erantzutea eta datu omikoak datu-base publikoetan gordailutzea.
Plataformak 90 argitalpenetik gora ditu inpaktu handiko aldizkarietan, hala nola Science (Moore et al, 2015), Naturaleza (Knobloch et al, 2013; Ko et al, 2010; Kim et al, 2009; Kim et al, 2008), Nature Cell Biology (Ohnishi et al, 2014; Esch et al, 2013; Han et al, 2011), Cell (Han et al, 2010; Singhal et al, 2010; Kim et al, 2009), Cell Stem Cell (Rao et al, 2016; Song et al, 2016; Kubaczka et al, 2015; Han et al, 2012; Ko et al, 2009).
Plataformak datu-analisirako laguntza eskaintzen du ikerketa-proiektuekin lankidetzan datu-sekuentziazio masiborako (NGS) eta microarray-etarako: (goitibeherakoak izan daitezela):
Sekuentziazio masiboko NGS datu-analisia
Plataformak prozesuak, kanalak eta programak garatu ditu datu biologikoen multzo handiak analizatzeko. Analisiak barnean hartzen ditu datuen kalitatearen ebaluazioa, analisi sakona, emaitzen interpretazioa eta zenbait formatutan komunikatzea eta aurkeztea.
Neurriko algoritmoak ere garatzen ditu hori eskatzen duten proiektuetarako.
Hona egiten dituen NGS datu mota batzuk:
Genoma osoaren sekuentziazioa.
ADN osagarrian oinarritutako transkriptoma eta ARN txikien analisia (RNA-Seq).
Immunoprezipitazio kromosoma bidez bakartutako ADN zatien sekuentziazioa (ChIP-Sec) ADNari transkripzio-faktoreekin loturak bilatzeko eta kromatina-seinaleen analisia.
Superenhancer-en aurkikuntza.
ADNaren metilazio-detekzioa (Meth-Sec), bai bisulfitoaren sekuentziazio osoarena (WGBS), bai bisulfitoaren adierazpen murriztuarena (RRBS).
Variant calling.
Microarrayen datu-analisia
Plataformak microarrayen (Affymetrix, Agilent, Illumina, Roche NimbleGen, besteak beste) datu-analisiak egiten ditu honetarako:
Adierazpen genikoa.
MikroARNen adierazpena.
ADNaren metilazioa.
Kopia-zenbakiaren aldakuntza-analisia (CNV).
Biologia Konputazionaleko Plataforma espezializatuta dago zenbait datu genomiko, proteomiko, metabolomiko multzo irudi biomedikoekin integratzen.
Lankidetza ikerketan
Plataformak lankidetzak eskaintzen ditu baterako ikerketa-proiektuen edo zerbitzuen ordainketa bidez finantzatutako proiektuetan oinarrituta. Plataformako langileak ikerketa-lankidetza ugaritan ari dira parte hartzen gaur egun.
BKPk lankidetza berriak gauzatzeko eta baterako finantzaketa eskatzeko lan egiteko aukera eskaintzen du. Gainera, baterako laguntza eskaintzen du diziplina anitzeko ikerketa-proiektuetarako eskala handian.
