DNA sekuentziazioa DNA molekula batek dituen nukleotido baseen irakurmen prozesua da. 25 urte baino gehiagotan zehar, sekuentziadoreak aurrerapen zientifiko handietan parte hartu dute, adibidez, lehenengo genoma osoaren sekuentzazioan eta hainbat gaixotasunekin loturiko makina bat generen aurkikuntzan.

Sanger kalitatezko estandarrik handiena da DNA sekuentziazioaren barruan sekuentziazioa elektroforesi kapilarrari esker eta laborategi zientifikoko esperimentu askotan erabiltzen da.

Zerbitzu eskaintza

• Sekuentziazio bakuna. 00-600 pb arteko zatiak.
• Sekuentziazio luzea. Arduradunari kontsulta egin behar zaio. 100-1300 pb arteko zatiak.
• Zatien analisia.
• Aparatuarekin bateragarriak diren kit komertzialak.

Sanger sekuentziazio zerbitzuaren barruan sartzen dira AIB Prism 3130 pasaldia, kalitate kontrola eta emaitzak bidaltzea, PCR produktuaren arazketa (aukerakoa), sekuentziazio erreakzioa eta arazketa (aukerakoa).

OII Biogipuzkoaren Plataforma Genomikaren Sekuentziazio tarifak

Sanger sekuentziazioarako laginen baldintzak

Datu teknikoak:

Genetika analizatzailea ABI Prism 3130XL (Life Technologies): 16 kapilar.

Informazio genetikoaren (DNA) digitalizazioari esker, eta sentsore paraleloen array masiboa erabiliaz, sekuentziazioa  azkar eta modu zehatzean egin daiteke. Teknologia berri honek, besteak beste, aplikazio hauek ditu: genoma laburtuen eta biralen sekuentziazio osoa, sekuentziazio mitokondriala, mikroRNAen sekuentziazioa eta kuantifikazioa, interesgarriak diren generen neurrira prestatutako sekuentziazio kitak.

Datu teknikoak

• PGM.
• OneTouche 2 eta OneTouche ES.
• 50Hz sonikagailua.
• Termoziklagailua (Life Technologies).
• Qubit espektrofotometroa.
• E-Gel basearen elektroforesi-azpila.

Biogipuzkoa OII-ren Plataforma Genomikoa Ion Torrent-en teknologiaren erabilerako erreferentziazko agentea da.

DNA Mikroarray-en teknologiak ikerlariei gene askoren adierazpena aztertzea ahalbidetzen die erreakzio bakarrean eta modu azkar eta eraginkorrean.

Identitate ezaguna duten milaka zunda euskarri sendo batean immobilizatzen dira. Mikroarray esperimentu tipiko batek RNAm-ren (eta bere cDNA-ren) hibridazioa dakar berarekin array-an lokalizatutako DNA homologoan. Array-aren leku bakoitzean lotuta dagoen mRNA kantitatea gene desberdinen adierazpen maila erakusten du.

Zerbitzu eskaintza:

Array adierazpenak egiteko plataformaren erabilpena eskaintzen da.

Zerbitzua makina erabiltzeko bakarrik kontrata daiteke eta, horrela bada, erabiltzaileak plataforma guztia erabiltzen dakiela frogatu beharko du eta bere erantzukizuna izango da bere esperimentuetarako beharrezkoa duen fungible eta material guztia lortzea. Bestalde, zerbitzu osoak kontratatzen badira, erabiltzaileak laginak eta proiekturako beharrezkoa den informazioa bakarrik aurkeztuko ditu.

OII Biogipuzkoaren Genomika Plataformaren Mikroarray zerbitzuen tarifak

Datu teknikoak:

• Plataforma GeneChip Affymetrix.
• Hibridazio-labea: GeneChip Hybridization Oven 640.
• Garbiketak eta tindaketa: GeneChip Fluidics Station 450.
• Irakurketa: GeneChip Scanner 3000.

Genomika Plataformak soluzio oso bat eskaintzen du denbora errealeko PCR metodologiaren bidez. mikroarray-prozesamendutik hasita eta emaitzak baliozkotzeko zerbitzura arte.

Denbora errealeko PCR, edo PCR kuantitatiboa, lagin baten DNAren edo RNA mezulariaren (mRNA) kuantifikazioa egiteko erabiltzen den PCR estandarraren aldaera da. Sekuentzia hasarazle espezifikoak erabiltzen badira, DNA edo RNA sekuentzia jakin baten kopia kopurua edo kantitatea ezagutu daiteke.

Zerbitzu eskaintza:

Ahal den aplikazio guztietan PCR kuantitatiboaren teknologia erabiltzeko aukera eskaintzen da. Zerbitzua makina erabiltzeko bakarrik izan daiteke, kasu horretan erabiltzaileak teknika eta tresnak ezagutu behar ditu eta berak prestatutako plakak erabiliko ditu; edo laguntza teknikoa eta teknologiaren diseinurako laguntza kontrata daiteke.

Esperimentuak diseinatzeko laguntza metodologikoa eskaintzeaz gain, proiektuaren inguruan sor daitezkeen zalantzak arduradunari kontsultatzeko aukera ematen da. Plataformatik beharrezkoa den fungiblea eta materiala erabiltzeko aukera ematen da, baita plakak bertan prestatzekoa edo erabiltzaileak lortutako materiala erabiltzekoa ere.

OII Biogipuzkoaren Genomika Plataformaren Denbora Errealeko PCR zerbitzuen tarifak

Datu teknikoak

• Sistema “LightCycler 96 (LC96) (Roche): 96 blokea”.
• Sistema “CFX96 Touch (BioRad): 96 blokea”.
• Sistema “CFX384 Touch (BioRad): 384 blokea”.

Denbora errealeko PCRako hasarazleen eta zunden diseinua

PCR digitala (Droplet Digital polymerase chain reaction – ddPCR) ikerketen helmugetan kuantifikazio zehatz eta absolutua lortzeko garatu zen eta egun erabilera zabala du ikerketan eta diagnostiko klinikoan.

ddPCR QX200 (BioRad) sistemak ura-olio emultsio tanta teknologia mikrofluidikarekin bateratzen du. Tanta sorgailuak gehienez 20.000 partizio sortzen ditu tanta bakoitzean PCR laginak anplifikatzeko. Tanta fluoreszenteen irakurmen positiboak eta negatiboak DNA kontzentrazioaren kalkulua ahalbidetzen du.

ddPCR-a kuantifikazio absolutuaren onurak eskaintzen ditu sentsibilitate handi batekin. Honen ondorioz gorakada batean daude patroirik gabeko kurbetako kuantifikazio absolutuak, alterazio genomikoak, gene kopien kopuruak besteak beste (copy number variation – CNV); sekuentziazio arraroak, gene adierazpenak eta mikroRNAren azterketak, NGS sekuentziazio masiboa (liburutegi kuantifikazioa, emaitza baliozkotzea) eta zelula bakarren analisia.

Zerbitzu eskaintza:

Plataformatik bere fungiblea eta behar den materiala erabiltzea eta plakak prestatzea eskaintzen da edo erabiltzaileak berak ekarritako materiala erabil dezake.

OII Biogipuzkoaren Genomika Plataformaren PCR digitalaren tarifak

Datu teknikoak:

• QX200 reader.
• C1000 Touch thermal cycler.
• QX200 droplet generator.
• PX1 PCR plate sealer.

Gure plataformak instrumentu gama zabal bat eskaintzen du azido nukleotidoen detekzio eta kuantifikazio zehatza lortzeko, DNA eta RNA besteak beste; ikerlarien beharrak oinarriz hartuta.

Zerbitzu eskaera

Bioanalizatzailea eta Nanodrop espektrofotometroa erabiltzeko aukera ematen da, bakarrikan erabiltzaileak makina erabiltzen dakiela ziurtatzen badu; edo zerbitzu osoa eska daiteke.

Jar zaitez harremanetan plataformako zerbitzuaren arduradunarekin ekipamenduaren eta ikerketen erabilgarritasuna baieztatzeko.

OII Biogipuzkoaren Genomika Plataformaren RNA eta DNA kalitate analisi eta kuantifikazio zerbitzuen tarifak

Datu teknikoak:

• 2100 Bioanalyzer (Agilent).

Mikrofluidikan oinarritutako plataforma da eta RNAko, DNAko edo proteinako 11 edo 12 laginen azterketa elektroforetikoa ahalbidetzen du.

RNAren eta softwarearen konbinazioa RNA totalaren eta RNA messenger-aren kantitatea eta osotasuna era erabat fidagarrian zehaztu dezake eta gutxieneko lagin kantitatea erabiliz. Bere emaitzak azkarrak, sentsibleak eta zehatzak direla eta, egun bioanalyzer-ra  funtsezko errekerimendu bihurtu da RNA-en laginen kalitatea zehazterakoan, aldez aurretik gene adierazpenaren mikroarray entsegua egin eta gero, bere fidagarritasuna altuagoa delako agarosa edo poliakrilamida gelekin alderatuta. Teknologia hau NGS liburutegiak kuantifikatzeko eta bistaratzeko baliagarria da ere bai.

• ND-1000 spectrometer (Nanodrop).

1µl laginak doitasun eta erreproduzigarritasun zabalarekin neurtzen ditu proteina purifikatuak neurtzeko, DNA eta RNA adibidez, kutsatzaileen agerpena adieraziz. Orobat, lagin oso kontzentratuak neurtu ditzake urtu gabe.

• Qubit fluorometer (Invitrogen).

DNAen, RNAen eta proteinen kuantifikazioa aztertzeko instrumentua da eta UV absorbantzia neurriko baino sentsibilitate zein zehaztasun handiagoa du. Fluorometroa Qubit-en entsegu kit propioekin funtzionatzen du.

Qubit fluorometrer-ra Nanodrop spectrometer-rarekin erabil daiteke DNAren edo RNAren kontzentrazioa adierazteko. Hain zuzen, fluorometer-ra molekula helmuga kuantifikatzeko balio du eta spectrometer-ak ea kutsatzailerik dagoen adieraz dezake.

Bereizmen handiko eskaner honek irudi digitalak ateratzen ditu lagin fluoreszenteetatik, kimiolumineszenteetatik edo erradioaktiboetatik. Beste aplikazio batzuen artean, bereziki egokia da DIGE-Gel bidimentsionalak eskaneatzeko.

Eskanerra bakarrik erabil daiteke, betiere erabiltzaileak aparatua erabiltzeko gai dela frogatzen badu; edo zerbitzu osoa kontrata daiteke.

Datu teknikoak

• Typhoon TRIO, Variable Mode Imager (GEHealthcare).

Eskuliburua eta zehaztapenak

MAGPIX erabilera anitzeko plataforma bat da eta lagin anitzetan proteina eta azido nukleikoen askotariko analisi kualitatiboak eta kuantitatiboak egiteko gaitasuna du. Erreakzio-bolumen bakar batean 50 zehaztapen egiteko aukerari esker, abiapuntuko erreaktibo eta eskulan esfortzuak minimora gutxitzen dira. Horrenbestez, MAGPIX aukera ELISA entseguen hautabide hobetua da.

MAGPIX sistemak Luminex mikroesfera magnetikoak erabiltzen ditu eta haiei esker aldi berean lagin baten analito espezifikoak hartu eta antzematen dira.

Entsegu propioak testatzeaz gain, Luminex-en bazkideek garatutako makina bat entsegu eskaintzen du merkatuak:

EMD Millipore Corporation

Life Technologies

Bio-Rad Laboratories, Inc.

Zerbitzu eskaera

OII Biogipuzkoaren Genomika Plataformaren MAGPIX Irakurgailu anizkoitzaren zerbitzuen tarifak

Datu teknikoak

• Merck Millipore.
• xMAP teknologia.
• 96 plaka irakurgailua.

Ikerketa biomedikoan erabiltzen diren giza zelula lerrotako %18tik %36ra modu gurutzatuan kutsatuta daudela zenbatetsi da. Horrenbestez,  gaur egun argitaratzen diren lan askok desegokiak dira eta gero eta aldizkari zientifiko gehiagok ikerlariei bere zelula lerroak balioztatzea eskatzen diete bere artikuluak argitaratzerakoan. Zerbitzu horri buruz gehiago jakiteko jar zaitez harremanetan Zelula Hazkuntzako plataformarekin.

Human Cell-line Authentication Service

OII Biogipuzkoaren Genomika Plataformaren giza zelula lerroen balioztatze zerbitzuen tarifak

Promegako GenePrint® 10 System-ak giza zelula lerroak identifikatzen eta balioztatzen ditu eta intraespezie kutsamena ere adierazten du. Sistema honek giza genomaren loci-en STR analisiak (mikrosateliteak) erabiltzen ditu, anplifikatzen eta fluorokroma desberdinekin era fluoreszentean markatu egiten diren mikrosateliteak hain zuzen.       

Erabiltzaileek 0,5-1 miloi zelula dituzten pelet-ak ekarri behar dituzte zerbitzura.

Biogipuzkoa OIIren Genomikako Plataformak sagu genotipaduaren zerbitzu osoa eskaintzen du. Hain zuzen, sagu-kumeetan txipa jartzea, DNA erauztea, PCRen bidez egindako anplifikazioa eta agarosa gelen analisia egiten da plataformaren zerbitzuan. Lortutako emaitzak erabiltzaileari email bidez bidaltzen zaizkio.

Zerbitzu eskaera

Erabiltzaileek erabiliko diren oligoen sekuentzien, PCR balditzen eta zenbatetsitako fragmentuen tamainen buruzko informazioa eman behar diote zerbitzuko langileei. Halaber, itxaron izandako genotipo ezberdinen DNA edo kontrol animalien laginak entregatu behar dira.

Sagu genotipadu zerbitzuek saguetan txipa jartzea ala ez eskaintzen dute baita PCR entsegu bakarra edo bi egitea ere. Horrela adierazita dago sagu genotipaduen tarifetan.

Erabiltzaileek edozein kasutan PCR-etako erreaktiboak eta oligoak entregatu behar dituzte eta Animalitegiko Plataformaren gastuak eta agarosa gelak ordaindu behar dituzte ere.

OII Biogipuzkoaren Genomika Plataformaren sagu genotipatuen zerbitzuen tarifak

Datu teknikoak

Prozesu honek ez du tresneria berezirik behar, eguneroko laborategiko ekipamendua baizik.

Biogipuzkoa OII-ren Biologia Konputazionalako Plataformak, Plataforma Genomikoaren eta Diagnostiko Molekularraren lanetan laguntzen du datu biologiko multzo handiak aztertzerakoan (mikroarray, gene adierazpenak…). Honek datuen kalitate ebaluazioa, azterketa sakona, emaitzen interpretazioa eta datuak zenbait formatutan komunikatzea eta aurkeztea dakar berarekin.

Jar zaitez harremanetan plataformaren arduradunarekin zerbitzuaren ezaugarriak eta baldintzak ezagutzeko.