eLife aldizkarian Biodonostia OIIko ikertzaileen lan bat argitaratu berri dute. Bertan, tresna konputazional berri bat garatu dute, ustez zahartzeari lotuta dagoen fenomeno bat aztertzeko: geneen jardueraren aldakortasuna.
Giza gorputzak ehunka zelula mota ditu. Nahiz eta guztiek material genetiko bera eduki, forma eta tamaina aldetik erabat ezberdinak izan daitezke. Zelula bakoitzaren identitatea zelula horretan jardunean ari diren gene multzoari lotatua dago. Adibidez, neurona batean eta muskulu-zelula batean jardunean dauden gene multzoak ezberdinak dira.
Geneen jarduera zelula bakunetan neurtu ahal izateko, ikertzaileek zelula bakarreko RNA sekuentziazioa (single-cell RNA sequencing) izeneko teknika erabiltzen dute. Teknika hori erabiliz egin diren ikerketek erakutsi dute ehun jakin batzuetako zelulek zahartu ahala euren “nortasuna” galtzen dutela. Hau da, adineko pertsonetan, zelula bakoitzari dagokion gene mulzoaren jarduera ez omen da gaztetan bezain sendoa. Geneen aldakortasun honi “transkripzio-zarata” esaten zaio.
Hainbat ikerketa-taldek zahartzearen eta zarata transkripzionalaren arteko lotura aztertu dute. Hala ere, ikerketa horiek metodo konputazional eta ehun ezberdinak erabili zituztenez, orain arte ez da posible izan emaitza horiek alderatzea. Komunitate zientifikoaren baitan eztabaidagai izan da zarata handitzea zahartzearen ezaugarri bereizgarri bat ote den. Eta hala balitz, ezbaian dago fenomeno hau zelula edo ehun jakin batzuetan bakarrik gertatzen ote den.
Biodonostiako Biologia Konputazionaleko eta Ehun-ingeniaritzako taldeek elkarrekin lan egin dute eta fenomeno hau era sistematikoan aztertu dute sagu eta gizakietan. Hasieran, dagoeneko argitaratuta zeuden metodo konputazionalak erabili dituzte. Ondoren, zarata detektatzeko metodo konputazional berri bat garatu eta erabili dute.
Ondorioztatu dutenez, zelula gazte eta zaharren artean alde txikiak zeuden arren, aldaketa horiek ez ziren antzekoak ikerketa desberdinetako datuen artean. Hala ere, ikerketa honi esker datu multzo guztietan argiki ikus zitezkeen ezaugarri batzuk aurkitu dituzte. Adibidez, zahartzeak biriken zelula-konposizioa erabat aldatzen duela aurkitu zuten.
Lan honi esker, ikertzaileek literatura zientifikoan gero eta arreta handiagoa hartu duen “transkripzio-zarata” alde batera utzi eta zahartze-prozesuaren beste ezaugarri batzuk aintzat hartzeko aukera izango dute. Bestalde, garatu duten metodo konputazionala transkripzio-zaratak beste testuinguru batzuetan – adibidez, gaixotasun batzuetan – izan lezakeen eragina neurtzeko erabil daiteke.
Artikulu originalaz gain, eLife aldizkariak lan honi buruzko dibulgazio artikulu bat argitaratu du: https://elifesciences.org/digests/80380/aging-quietly
Artikulua:
Lack of evidence for increased transcriptional noise in aged tissues
Olga Ibañez-Solé, Alex M Ascensión, Marcos J Araúzo-Bravo, Ander Izeta. PMID: 36576247 PMCID: PMC9934862 DOI: 10.7554/eLife.80380
