Biologia Konputazionala eta Sistemen Biomedikuntza

Taldeko liderra: Marcos J. Araúzo-Bravo Dk.

Biodonostia OII. Ikerbasque Research Professor. marcos.arauzo@bio-gipuzkoa.eus
Marcos Araúzo Bravo doktorea Industria Elektronikako eta Automatikako ingeniaria da, Industria Teknologietan doktorea da Cartagenako Unibertsitate Politeknikoan eta Informazio Teknologietan doktoratu zen Japoniako Kyushuko Teknologia Institutuan (KIT) 2003an, bertan egin zuen doktorego ondokoa ere 2006an. 2006tik 2014ra Münsterreko (Alemania) Biomedikuntza Molekularreko Max Planck Institutuko Biologia Konputazionala eta Bioinformatika laborategia sortu eta lideratu zuen.
1998tik 2004ra Burgoseko Unibertsitateko Eskola Politeknikoko, Ingeniaritza Elektromekanikoaren Saileko, irakasle elkartua izan zen.
Hainbat proiektutako koordinatzailea, liderra eta parte-hartzailea izan da: nazioartekoak (FET CIRCULAR VISION, EraCoSysMed 4D-HEALING), estatukoak eta eskualdekoak. Horrez gainera, CIBERfes – Hauskortasunaren eta Zahartze Osasuntsuaren Sareko Ikerketa Biomedikoko Zentroko eta Bioinformatika Translazionalerako (TransBioNet) Bikaintasun Sareko kide da.
150 argitalpen baino gehiago ditu hainbat aldizkaritan: Science, Nature, Cell Biology, Natura Chemical Biology, Journal American Chemical, Cell edo Cell Stem Cell. 11.200 aipamen baino gehiago ditu Google Scholar-en, H: 50 eta i10: 1.115 indizea du (2022ko martxoa), eta, gainera, erregistratutako 3 patentetako asmatzailekidea da.
Doktorego-tesi bat zuzendu du eta gaur egun beste lau zuzentzen ari da.

Helburu estrategikoak

  • Metodo konputazionalak garatzea sistema biologikoak aztertzeko eta eredua egiteko, eta zelula amen mekanismoak, zelulen birprogramazioa eta zahartzea argitzeko erabiltzea.
  • Sare biologikoen (genetiko, epigenetiko, metaboliko eta proteomikoaren) elkarreragina aztertzea, tipologia, asalduren aurreko erantzuna eta dinamika ezagutzeko.
  • Ikusmen artifizialeko metodoak garatzea analisi automatikoa egiteko eta irudi estatiko eta dinamikoetatik abiatuta zelulen eta subzelulen egiturak karakterizatzeko.
  • Adimen artifizialaren teknikak oinarrian hartuta historia klinikoak aztertzeko datuak bilatzeko metodoak garatzea, osasun-baldintzak, gaixotasunak eta zahartzea aurreikusteko.
  • Historia medikuek emandako informazio “makroskopikoaren”, irudien azterketak emandako informazio “mikroskopikoaren” eta datu omikoek emandako informazio “molekularraren” bateratze sinergikoa egitea, gizakion gaixotasunak eta zahartzea ulertzeko.
  • Pertsonen arteko aldaketa genetikoek funtzio zelular biologikoetan eta, azken buruan, gaixotasunetan, duten eragina aztertzea.

Ikerketa-ildo nagusiak

  • Erregulazio genomikorako funtsezko leku berriak aurreikustea eta eredu horiek erabiltzea sare genetikoen eta epigenetikoen arteko komunikazioko eredu matematikoak osatzeko.
  • Sare biologikoen analisia. Sareen osagaiak asaldatuz, horien funtzionamenduan eragindako aldaketak aztertzea, asaldura horien efektu sinergikoak eta antagonikoak ulertzeko. Sare biologikoen tipologia eta dinamika identifikatzeko metodoak garatzea. Horretarako, unitateen agerpena aztertuko da eta sistemen ingeniaritzako elementuak erabiliko dira, asalduren eta estokastizitatearen aurreko egonkortasuna, kontrolagarritasuna, sendotasuna eta erantzunak aztertzeko. Aplikazioa zelula amen mekanismoak, zelulen birprogramazioa, gaixotasunen agerpena eta aurrerapena eta zahartzea ulertzeko
  • Erregulazio-alderdiak identifikatzea eta karakterizatzea sare pluripotenteetan, zelula ametan, gaixotasunetan eta zahartzean.
  • Eredu dinamikoak garatzea, zelula pluripotenteen, zelulen birprogramazioaren, zelula amen, gaixotasunen eta zahartzearen sare erregulatzaile genetikoak ulertzeko.

Bioinformatikan

  • Zelula pluripotenteen kalitate konputazionala kontrolatzea, datu transkriptomikoen eta epi-genomikoen analisi konputazionalaren bitartez.
  • Plataforma desberdinek sortutako datu transkriptomikoak bateratzea, datu-multzo garrantzitsuak sortzeko.
  • Datuak ustiatzeko bitarteko konputazionalak garatzea, izaera desberdineko datuak bateratuz (transkriptomikoak, Chip-Seq, DNAren metilazioa, histonen markak, microARNen adierazpena eta proteomikoa).
  • Teknologia omiko desberdinen datuak bateratzeko metodoak ezartzea, zelula pluripotenteen, zelula amen, gaixotasunen eta zahartzearen eragile molekular garrantzitsuenen arteko komunikazioa ulertzeko.
  • Metodo estatistikoak eta ikaskuntza automatikoko metodoak garatzea, NGS azken belaunaldiko sekuentziazio-datuetatik informazioa ateratzeko (ARNseq, histonen aldaketen Chip-Seq eta DNAren metilazioa).
  • Zuzeneko programaziorako gene objektiboak identifikatzea.
  • Biomarkagailuak identifikatzea minbizian ikertzeko.
  • DNAren sekuentzien eta DNAren terminoen ereduak identifikatzea, DNAren hiztegiak eta gramatikak egiteko.
  • Adimen artifizialaren teknikak oinarrian hartuta historia klinikoak aztertzeko datuak bilatzeko metodoak garatzea, osasun-baldintzak, gaixotasunak eta zahartzea aurreikusteko.

Taldekideak

Izen-abizenak Zentroa Emaila
Coloma Álvarez De Eulate López Donostialdea ESI coloma.alvarezdeeulatelopez@osakidetza.eus
Julen Bohoyo Bengoetxea Biogipuzkoa OII julen.bohoyobengoetxea@bio-gipuzkoa.eus
Patricia Fernández Moreno Biogipuzkoa OII patricia.fernandezmoreno@bio-gipuzkoa.eus
Daniela Ivanova Gerovska Biogipuzkoa OII daniela.gerovska@bio-gipuzkoa.eus
Shira Knafo CSIC, UPV/EHU s.knafo@ikerbasque.org
Maite Unzurrunzaga Altube Donostialdea ESI maite.unzurrunzagaaltube@osakidetza.eus
Aitor Zabala García  Biogipuzkoa OII aitor.zabalagarcia@bio-gipuzkoa.eus

 

Ekoizpen Zientifikoa

DESARROLLO DE TERAPIAS AVANZADAS BASADAS EN VESICULAS EXTRACERULARES OPTIMIZADAS APLICADAS A ENFERMEDADES RARAS PEDIATRICAS CON AFECTACION MESENQUIMAL: ESTUDIOS PRECLINICOS
Código: 2023333014/BD
Investigador Principal (IP): MARCOS JESUS ARAUZO BRAVO
Entidad Financiadora: DEPARTAMENTO DE SALUD
Fecha de Inicio: 2023-01-01
Fecha de finalización: 2023-12-31
Importe Concedido: 41.228,24 €
RNA-MEM-INVESTIGACION DE TRATAMIENTOS PARA LA ENFERMEDAD DE ALZHEIMER MEDIANTE LA DEFINICION DE MODULADORES DE MODIFICACIONES DE ARN.
Código: KK-2023/00050
Investigador Principal (IP): MARCOS JESUS ARAUZO BRAVO
Entidad Financiadora: DEPARTAMENTO DE DESARROLLO ECONOMICO, SOSTENIBILIDAD Y MEDIO AMBIENTE
Fecha de Inicio: 2023-03-01
Fecha de finalización: 2024-12-31
Importe Concedido: 163.897,09 €
EMPLEO DE LA SECUENCIACION MASIVA PARA LA MEJORA DE LAS ESTRATEGIAS TERAPEUTICAS DE LA ANOREXIA NERVIOSA: (EPI)GENETICA – AMBIENTE. PROYECTO ENVIRON-MENTAL
Código: 2022111054/BD
Investigador Principal (IP): MARCOS JESUS ARAUZO BRAVO
Entidad Financiadora: DEPARTAMENTO DE SALUD
Fecha de Inicio: 2022-10-01
Fecha de finalización: 2025-09-30
Importe Concedido: 101.969,61 €
IPERGLIO - IMPROVING PERSONALISED GLIOBLASTOMA CARE BY INTERTWINED IMMUNOMICS AND ARTIFICIAL INTELLIGENCE APPROACHES
Código: AC22/00043
Investigador Principal (IP): MARCOS JESUS ARAUZO BRAVO
Entidad Financiadora: ISCIII INSTITUTO DE SALUD CARLOS III; FUNDACION CIENTIFICA DE LA ASOCIACION ESPAÑOLA CONTRA EL CANCER
Fecha de Inicio: 2023-01-01
Fecha de finalización: 2025-12-31
Importe Concedido: 325.000,00 €
MEJORAR LA ACCESIBILIDAD Y EXPERIENCIA DEL PACIENTE, ATENDIDO POR EL CENTRO INTEGRADO DE ATENCION TELEFONICA (CIAT) DE LA ORGANIZACION SANITARIA INTEGRADA DONOSTIALDEA (OSID).
Código: 22BU204
Investigador Principal (IP): COLOMA ALVAREZ DE EULATE LOPEZ
Entidad Financiadora: DEPARTAMENTO DE SALUD
Fecha de Inicio: 2021-11-01
Fecha de finalización: 2023-01-31
Importe Concedido: 9.950,00 €
MEJORANDO LAS HERRAMIENTAS PARA EL DIAGNOSTICO DE ENFERMEDADES RARAS: INTELIGENCIA ARTIFICIAL Y SECUENCIACION MASIVA
Código: 2021111056/BD
Investigador Principal (IP): MARCOS JESUS ARAUZO BRAVO
Entidad Financiadora: DEPARTAMENTO DE SALUD
Fecha de Inicio: 2021-12-01
Fecha de finalización: 2024-12-01
Importe Concedido: 95.832,00 €
REGULACION DE MICRORNAS COMO ESTRATEGIA TERAPEUTICA EN UN MODELO MURINO DE OSTEOGENESIS IMPERFECTA
Código: 2021111073/BD
Investigador Principal (IP): DANIELA IVANOVA GEROVSKA
Entidad Financiadora: DEPARTAMENTO DE SALUD
Fecha de Inicio: 2021-10-01
Fecha de finalización: 2024-12-13
Importe Concedido: 64.614,00 €
DESARROLLO Y VALIDACION DE UN SISTEMA DE MONITORIZACION DE ALARMAS DE DETECCION DE EVENTOS ADVERSOS EN EL PROGRAMA DE OPTIMIZACION DE USO DE ANTIBIOTICOS (E-PROA)
Código: 2021111083/BD
Investigador Principal (IP): MARCOS JESUS ARAUZO BRAVO
Entidad Financiadora: DEPARTAMENTO DE SALUD
Fecha de Inicio: 2021-12-01
Fecha de finalización: 2024-12-01
Importe Concedido: 39.930,00 €
EL DESCUBRIMIENTO DE NUEVAS DIANAS TERAPEUTICAS PARA MEJORAR LA MEMORIA EN PACIENTES CON ENFERMEDAD DE ALZHEIMER. REMEMBER
Código: KK-2021/00085
Investigador Principal (IP): MARCOS JESUS ARAUZO BRAVO
Entidad Financiadora: DEPARTAMENTO DE DESARROLLO ECONOMICO, SOSTENIBILIDAD Y MEDIO AMBIENTE
Fecha de Inicio: 2021-03-01
Fecha de finalización: 2023-06-30
Importe Concedido: 138.264,00 €
DESCUBRIMIENTO DE LAS PALABRAS EPIGENETICAS DE LA REGULACION CELULAR MEDIANTE EL DESARROLLO DE ALGORITMOS COMPUTACIONALES DE ANALISIS DE DATOS EPIGENOMICOS
Código: PID2020-119715GB-I00
Investigador Principal (IP): MARCOS JESUS ARAUZO BRAVO
Entidad Financiadora: MINISTERIO DE CIENCIA E INNOVACION
Fecha de Inicio: 2021-09-01
Fecha de finalización: 2024-08-31
Importe Concedido: 96.800,00 €
PLATAFORMAS ISCIII DE MEDICINA DE PRECISION ASOCIADA A LA CIENCIA Y TECNOLOGIA IMPACT DE LA AES 2017-2020.PROGRAMA CIENCIA DE DATOS.
Código: IMP/00019/BD
Investigador Principal (IP): MARCOS JESUS ARAUZO BRAVO
Entidad Financiadora: ISCIII INSTITUTO DE SALUD CARLOS III
Fecha de Inicio: 2021-01-01
Fecha de finalización: 2024-12-31
Importe Concedido: 21.633,33 €
PREDICCION DEL RIESGO DE RECAIDA EN PACIENTES SOMETIDOS A CIRUGIA DE CANCER COLORRECTAL MEDIANTE TECNICAS DE DEEP LEARNING (PRERCCOL)
Código: 2020111031/BD
Investigador Principal (IP): MARCOS JESUS ARAUZO BRAVO
Entidad Financiadora: DEPARTAMENTO DE SALUD
Fecha de Inicio: 2020-12-01
Fecha de finalización: 2024-06-30
Importe Concedido: 127.050,00 €
RESPUESTAS “ADAPTATIVAS” DE LAS CELULAS MADRE MESENQUIMALES FRENTE AL COVID19, IMPLICACION EN TERAPIA CELULAR
Código: 2020111055/BD
Investigador Principal (IP): MIKEL ARROSPIDE ELGARRESTA; DANIELA IVANOVA GEROVSKA
Entidad Financiadora: DEPARTAMENTO DE SALUD
Fecha de Inicio: 2020-12-01
Fecha de finalización: 2024-05-31
Importe Concedido: 31.339,00 €
CIRCULAR DNA IN DIAGNOSIS AND DISEASE MODELS
Código: UE/2019/H2020/CIRCULARVISION2
Investigador Principal (IP): MARCOS JESUS ARAUZO BRAVO
Entidad Financiadora: COMISION EUROPEA - HORIZON 2020
Fecha de Inicio: 2020-10-01
Fecha de finalización: 2024-04-01
Importe Concedido: 478.038,75 €