Biologia Konputazionala eta Sistemen Biomedikuntza

Taldeko liderra:Marcos J. Araúzo-Bravo Dk.

Biodonostia OII. Ikerbasque Research Professor. marcos.arauzo@biodonostia.org

Helburu estrategikoak

  • Metodo konputazionalak garatzea sistema biologikoak aztertzeko eta eredua egiteko, eta zelula amen mekanismoak, zelulen birprogramazioa eta zahartzea argitzeko erabiltzea.
  • Sare biologikoen (genetiko, epigenetiko, metaboliko eta proteomikoaren) elkarreragina aztertzea, tipologia, asalduren aurreko erantzuna eta dinamika ezagutzeko.
  • Ikusmen artifizialeko metodoak garatzea analisi automatikoa egiteko eta irudi estatiko eta dinamikoetatik abiatuta zelulen eta subzelulen egiturak karakterizatzeko.
  • Adimen artifizialaren teknikak oinarrian hartuta historia klinikoak aztertzeko datuak bilatzeko metodoak garatzea, osasun-baldintzak, gaixotasunak eta zahartzea aurreikusteko.
  • Historia medikuek emandako informazio “makroskopikoaren”, irudien azterketak emandako informazio “mikroskopikoaren” eta datu omikoek emandako informazio “molekularraren” bateratze sinergikoa egitea, gizakion gaixotasunak eta zahartzea ulertzeko.
  • Pertsonen arteko aldaketa genetikoek funtzio zelular biologikoetan eta, azken buruan, gaixotasunetan, duten eragina aztertzea.

Ikerketa-ildo nagusiak

  • Erregulazio genomikorako funtsezko leku berriak aurreikustea eta eredu horiek erabiltzea sare genetikoen eta epigenetikoen arteko komunikazioko eredu matematikoak osatzeko.
  • Sare biologikoen analisia. Sareen osagaiak asaldatuz, horien funtzionamenduan eragindako aldaketak aztertzea, asaldura horien efektu sinergikoak eta antagonikoak ulertzeko. Sare biologikoen tipologia eta dinamika identifikatzeko metodoak garatzea. Horretarako, unitateen agerpena aztertuko da eta sistemen ingeniaritzako elementuak erabiliko dira, asalduren eta estokastizitatearen aurreko egonkortasuna, kontrolagarritasuna, sendotasuna eta erantzunak aztertzeko. Aplikazioa zelula amen mekanismoak, zelulen birprogramazioa, gaixotasunen agerpena eta aurrerapena eta zahartzea ulertzeko
  • Erregulazio-alderdiak identifikatzea eta karakterizatzea sare pluripotenteetan, zelula ametan, gaixotasunetan eta zahartzean.
  • Eredu dinamikoak garatzea, zelula pluripotenteen, zelulen birprogramazioaren, zelula amen, gaixotasunen eta zahartzearen sare erregulatzaile genetikoak ulertzeko.

Bioinformatikan

  • Zelula pluripotenteen kalitate konputazionala kontrolatzea, datu transkriptomikoen eta epi-genomikoen analisi konputazionalaren bitartez.
  • Plataforma desberdinek sortutako datu transkriptomikoak bateratzea, datu-multzo garrantzitsuak sortzeko.
  • Datuak ustiatzeko bitarteko konputazionalak garatzea, izaera desberdineko datuak bateratuz (transkriptomikoak, Chip-Seq, DNAren metilazioa, histonen markak, microARNen adierazpena eta proteomikoa).
  • Teknologia omiko desberdinen datuak bateratzeko metodoak ezartzea, zelula pluripotenteen, zelula amen, gaixotasunen eta zahartzearen eragile molekular garrantzitsuenen arteko komunikazioa ulertzeko.
  • Metodo estatistikoak eta ikaskuntza automatikoko metodoak garatzea, NGS azken belaunaldiko sekuentziazio-datuetatik informazioa ateratzeko (ARNseq, histonen aldaketen Chip-Seq eta DNAren metilazioa).
  • Zuzeneko programaziorako gene objektiboak identifikatzea.
  • Biomarkagailuak identifikatzea minbizian ikertzeko.
  • DNAren sekuentzien eta DNAren terminoen ereduak identifikatzea, DNAren hiztegiak eta gramatikak egiteko.
  • Adimen artifizialaren teknikak oinarrian hartuta historia klinikoak aztertzeko datuak bilatzeko metodoak garatzea, osasun-baldintzak, gaixotasunak eta zahartzea aurreikusteko.

Taldekideak

Izen-abizenak Zentroa Emaila
Coloma Álvarez De Eulate López Donostialdea ESI coloma.alvarezdeeulatelopez@osakidetza.eus
Mikel Arrospide Elgarresta Biodonostia OII mikel.arrospide@biodonostia.org
Javier Cabau Laporta Biodonostia OII javier.cabau@biodonostia.org
Daniela Ivanova Gerovska Biodonostia OII daniela.gerovska@biodonostia.org
Olga Ibañez Sole Biodonostia OII olga.ibanez@biodonostia.org
Vadym Ivanchuk Onkologikoa ivanchuk.vadym@gmail.com
Shira Knafo CSIC, UPV/EHU s.knafo@ikerbasque.org
Alex Martínez Ascensión Biodonostia OII alex.martinez@biodonostia.org

 

Ekoizpen Zientifikoa

Jatorrizkoak

Zabaldu: 10 / 76

A mechanism for the segregation of age in mammalian neural stem cells.

Moore DL, Pilz GA, Arauzo-Bravo MJ, Barral Y, Jessberger S.

Science. 2015; 349: 1334-1338. FI: 33.611 (Q1).

Direct Induction of Trophoblast Stem Cells from Murine Fibroblasts.

Kubaczka C, Senner CE, Cierlitza M, Arauzo-Bravo MJ, Kuckenberg P, Peitz M, Hemberger M, Schorle H.

Cell Stem Cell. 2015; 17: 557-568. FI: 22.268 (Q1).

MicroRNA-199a-5p inhibition enhances the liver repopulation ability of human embryonic stem cell-derived hepatic cells.

Moebus S, Yang D, Yuan Q, Luedtke TH, Balakrishnan A, Sgodda M, Rani B, Kispert A, Arauzo-Bravo MJ, Vogel A, Manns MP, Ott M, Cantz T, Sharma AD.

J. Hepatol. 2015; 62: 101-110. FI: 11.336 (Q1).

Human primordial germ cell commitment in vitro associates with a unique PRDM14 expression profile.

Sugawa F, Arauzo-Bravo MJ, Yoon J, Kim KP, Aramaki S, Wu G, Stehling,M, Psathaki OE, Huebner K, Schoeler HR.

Embo J. 2015; 34: 1009-1024. FI: 10.434 (Q1).

Oct4-induced oligodendrocyte progenitor cells enhance functional recovery in spinal cord injury model.

Kim JB, Lee H, Araúzo-Bravo MJ, Hwang K, Nam D, Park MR, Zaehres H, Park KI, Lee SJ.

Embo J.2015; 34: 2971-2983. FI: 10.434 (Q1).

Hypoxia Induces Pluripotency in Primordial Germ Cells by HIF1 alpha Stabilization and Oct4 Deregulation.

Lopez-Iglesias P, Alcaina Y, Tapia N, Sabour D, Arauzo-Bravo MJ, Sainz de la Maza D, Berra E, Nunez A, Nistal M, Ortega S, Donovan PJ, Schoeler HR, De Miguel MP.

Antioxid. Redox Signal. 2015; 22: 205-223. FI: 7.407 (Q1).

Universal Cardiac Induction of Human Pluripotent Stem Cells in Two and Three-Dimensional Formats: Implications for In Vitro Maturation.

Zhang, M, Schulte JS, Heinick A, Piccini I, Rao J, Quaranta R, Zeuschner D, Malan D, Kim KP, Roepke A, Sasse P, Arauzo-Bravo M, Seebohm G, Schoeler H, Fabritz L, Kirchhof P, Mueller FU, Greber B.

Stem Cells. 2015; 33: 1456-1469. FI: 6.523 (Q1).

Erythroid differentiation of human induced pluripotent stem cells is independent of donor cell type of origin.

Dorn I, Klich K, Arauzo-Bravo MJ, Radstaak M, Santourlidis S, Ghanjati F, Radke TF, Psathaki OE, Hargus G, Kramer J, Einhaus M, Kim JB, Koegler G, Wernet P, Schoeler HR, Schlenke P, Zaehres H.

Haematologica. 2015; 100: 32-41. FI: 5.814 (Q1).

Perivascular Mesenchymal Stem Cells From the Adult Human Brain Harbor No Instrinsic Neuroectodermal but High Mesodermal Differentiation Potential.

Lojewski X, Srimasorn S, Rauh J, Francke S, Wobus M, Taylor V, Arauzo-Bravo MJ, Hallmeyer-Elgner S, Kirsch M, Schwarz S, Schwarz J, Storch A, Hermann A.

Stem Cells Transl. Med. 2015; 4: 1223-1233. FI: 5.709 (Q1).

Methods for extracellular vesicles isolation in a hospital setting.

Saenz-Cuesta M, Arbelaiz A, Oregi A, Irizar H, Osorio-Querejeta I, Munoz-Culla M, Banales JM, Falcon-Perez JM, Olascoaga J, Otaegui D.

Front. Immunol. 2015; 6. FI: 5.695 (Q1).

Berrikuspen

Zabaldu: 1 / 1

Measuring the impact of informal elderly caregiving: a systematic review of tools.

Mosquera I, Vergara I, Larrañaga I, Machón M, del Río M, Calderón C.

Quality Of Life Research. 2016; 25: 1059-1092. FI: 2,344 (Q1).

Editorialak

Zabaldu: 0 / 0

Letrak

Zabaldu: 0 / 0

Beste

Zabaldu: 2 / 2

Armonización de bases de datos para el estudio de la fragilidad en personas mayores: Estudio INTAFRADE.

Machón M, Egüés N, Martínez N, Abellán van Kan G, Calderón-Larrañaga A, Aldaz P, Poblador-Plou B, Vrotsou K, Clerencia-Sierra M, Prados-Torres A, Vergara I.

Revista Espanola De Geriatria Y Gerontologia. 2016; 51: 29-36.

Situación actual de la investigación sobre las condiciones de vida y el estado de salud de las personas mayores en España.

Machón-Sobrado M, Vergara-Mitxeltorena I, Dorronsoro-Iraeta M, Larrañaga-Larrañaga N, Vrotsou K, Larrañaga-Padilla I.

Enfermería Clínica. 2016; 26: 15-22.

Proiektuak

Proiektuetan 1 / 1

Asociación entre el “Dietary Inflammatory Index” (DII) y los biomarcadores proinflamatorios en el envejecimiento y su relación con la fragilidad.

Investigador principal: María Nerea Egüés Olazábal. Entidad financiadora: Gobierno Vasco, Departamento de Salud. Año inicio: 2014. Año final: 2017.