Genética Gastrointestinal

Líder de Grupo:Dr. Koldo Garcia Etxebarria

IIS Biodonostia. koldo.garcia@biodonostia.org

Objetivos estratégicos:

El principal objetivo del grupo es explicar los mecanismos genéticos que provocan la enfermedad gastrointestinal (GI). El grupo, que está especialmente centrado en la enfermedad intestinal inflamatoria (EII), el síndrome del colon irritable (SCI) y otras afecciones GI, trabaja para identificar genes de riesgo y sus variantes causantes aplicando enfoques genéticos, bioinformáticos y genómicos funcionales. Además, estudia cómo la composición genética del hospedador afecta a la composición de la microbiota humana, que es muy relevante con respecto a la enfermedad humana. El grupo está interesado en el potencial de correlación de la genética y la variación de la microbiota con el comportamiento y la función del intestino humano, especialmente con relación a los endofenotipos del SCI (tránsito del colon, frecuencia de las deposiciones, etc.).

Principales líneas de investigación:

  • Enfermedad intestinal inflamatoria (EII): La enfermedad de Crohn (EC) y la colitis ulcerosa (CU) muestran un potente componente genético y ya se han descubierto más de 200 puntos de riesgo de EII. Pretendemos aprovechar esta información para identificar novedosos objetivos diagnósticos y/o terapéuticos y para delimitar estrategias basadas en genotipos con el fin de personalizar la medicina.
  • Síndrome del colon irritable (SCI): Se reconoce un componente hereditario del SCI aunque no se han identificado genes de riesgo de SCI claros. Creemos que la actual “etiqueta”·de SCI no es adecuada para captar el verdadero espectro de manifestaciones del SCI, donde el peso de los factores genéticos puede variar entre formas raras de un único gen y condiciones poligénicas extremadamente complejas. Nuestro propósito es descifrar los principales mecanismos patogenéticos del SCI combinando estudios de asociación genómica (EAG) de variantes de riesgo comunes en la población en general, la secuenciación dirigida y de todo el exoma para identificar variantes raras en subconjuntos de pacientes de SCI y la caracterización funcional de genes de riesgo y los alelos causantes afines. Hemos creado una extensa red de colaboración con otros centros a nivel mundial y coordinamos la iniciativa Bellygenes (www.bellygenes.org).
  • Otras afecciones GI: También se ha informado sobre la existencia de un componente genético en la enfermedad del reflujo gastroesofágico (ERGE), la colitis microscópica, la diverticulitis y otras enfermedades GI pero, tal y como ocurre con el SCI, se ha investigado poco sobre esto. Estamos realizando análisis dirigidos y de EAG iniciales con el objetivo global de eliminar la laguna de conocimiento y saber más sobre patogenética. Para realizar estos estudios, también hemos creado una red internacional de colaboración.
  • Genes, microbiota y función intestinal: La variación en la composición de la microbiota intestinal es importante con respecto a las enfermedades humanas pero todavía se conocen poco los factores que inducen dicha variación y/o la mantienen. Estudiamos esta interacción para entender si la composición genética del hospedador afecta a la composición de la microbiota humana y, en caso afirmativo, cómo lo hace, y abordamos esta cuestión con la evaluación computacional del genoma hospedador frente a comparaciones de microbiomas. También nos interesa el potencial de correlación de la variación de la microbiota con el comportamiento y la función del intestino humano, especialmente con relación a los endofenotipos del SCI (tránsito del colon, frecuencia de las deposiciones etc.).

Miembros del equipo

Nombre Apellidos Centro E-mail
Mauro D’amato Colaborador Externo

Producción Científica

Proyectos

Proyectos 2 / 2

Variantes genéticas de los canales iónicos como factores de riesgo genético en el síndrome del intestino irritable.

Investigador Principal: Mauro D’Amato. Entidad Financiadora: Gobierno Vasco, Departamento de Salud. Año inicio: 2016. Año final: 2017.

IBD-Character: Inflammatory Bowel Disease Characterization by a Multi-Modal Integrated Biomarker Study.

Investigador Principal: Jack Satsangi, Edinburgh University. Entidad Financiadora: EU-FP7. Año inicio: 2013. Año final: 2016.

Patentes

Este grupo no tiene Patentes