Genética Gastrointestinal

Líder de Grupo:Dr. Mauro D’Amato

IIS Biodonostia. Ikerbasque Research Professor. mauro.damato@biodonostia.org

Objetivos estratégicos:

El principal objetivo del grupo es explicar los mecanismos genéticos que provocan la enfermedad gastrointestinal (GI). El grupo, que está especialmente centrado en la enfermedad intestinal inflamatoria (EII), el síndrome del colon irritable (SCI) y otras afecciones GI, trabaja para identificar genes de riesgo y sus variantes causantes aplicando enfoques genéticos, bioinformáticos y genómicos funcionales. Además, estudia cómo la composición genética del hospedador afecta a la composición de la microbiota humana, que es muy relevante con respecto a la enfermedad humana. El grupo está interesado en el potencial de correlación de la genética y la variación de la microbiota con el comportamiento y la función del intestino humano, especialmente con relación a los endofenotipos del SCI (tránsito del colon, frecuencia de las deposiciones, etc.).

Principales líneas de investigación:

  • Enfermedad intestinal inflamatoria (EII): La enfermedad de Crohn (EC) y la colitis ulcerosa (CU) muestran un potente componente genético y ya se han descubierto más de 200 puntos de riesgo de EII. Pretendemos aprovechar esta información para identificar novedosos objetivos diagnósticos y/o terapéuticos y para delimitar estrategias basadas en genotipos con el fin de personalizar la medicina.
  • Síndrome del colon irritable (SCI): Se reconoce un componente hereditario del SCI aunque no se han identificado genes de riesgo de SCI claros. Creemos que la actual “etiqueta”·de SCI no es adecuada para captar el verdadero espectro de manifestaciones del SCI, donde el peso de los factores genéticos puede variar entre formas raras de un único gen y condiciones poligénicas extremadamente complejas. Nuestro propósito es descifrar los principales mecanismos patogenéticos del SCI combinando estudios de asociación genómica (EAG) de variantes de riesgo comunes en la población en general, la secuenciación dirigida y de todo el exoma para identificar variantes raras en subconjuntos de pacientes de SCI y la caracterización funcional de genes de riesgo y los alelos causantes afines. Hemos creado una extensa red de colaboración con otros centros a nivel mundial y coordinamos la iniciativa Bellygenes (www.bellygenes.org).
  • Otras afecciones GI: También se ha informado sobre la existencia de un componente genético en la enfermedad del reflujo gastroesofágico (ERGE), la colitis microscópica, la diverticulitis y otras enfermedades GI pero, tal y como ocurre con el SCI, se ha investigado poco sobre esto. Estamos realizando análisis dirigidos y de EAG iniciales con el objetivo global de eliminar la laguna de conocimiento y saber más sobre patogenética. Para realizar estos estudios, también hemos creado una red internacional de colaboración.
  • Genes, microbiota y función intestinal: La variación en la composición de la microbiota intestinal es importante con respecto a las enfermedades humanas pero todavía se conocen poco los factores que inducen dicha variación y/o la mantienen. Estudiamos esta interacción para entender si la composición genética del hospedador afecta a la composición de la microbiota humana y, en caso afirmativo, cómo lo hace, y abordamos esta cuestión con la evaluación computacional del genoma hospedador frente a comparaciones de microbiomas. También nos interesa el potencial de correlación de la variación de la microbiota con el comportamiento y la función del intestino humano, especialmente con relación a los endofenotipos del SCI (tránsito del colon, frecuencia de las deposiciones etc.).

Miembros del equipo

Nombre Apellidos Centro E-mail
Itziar Frades Alzueta IIS Biodonostia itziar.frades@biodonostia.org
Koldo García Etxebarria IIS Biodonostia koldo.garcia@biodonostia.org

Producción Científica

Originales

Publicados: 10 / 17

High-density mapping of the MHC identifies a shared role for HLA-DRB1*01:03 in inflammatory bowel diseases and heterozygous advantage in ulcerative colitis.

Goyette P, Boucher G, Mallon D, Ellinghaus E, Jostins L, Huang H, Ripke S, Gusareva ES, Annese V, Hauser SL, Oksenberg JR, Thomsen I, Leslie S, International Inflammatory Bowel Disease Genetics Consortium, Australia and New Zealand IBDGC, Belgium IBD Genetics Consortium, Italian Group for IBD Genetic Consortium, NIDDK Inflammatory Bowel Disease Genetics Consortium, United Kingdom IBDGC, Wellcome Trust Case Control Consortium, Quebec IBD Genetics Consortium, Daly MJ, Van Steen K, Duerr RH, Barrett JC, McGovern DP, Schumm LP, Traherne JA, Carrington MN, Kosmoliaptsis V, Karlsen TH, Franke A, Rioux JD.

Nat Genet. 2015; 47: 172-9. FI: 31.616 (Q1).

Association analyses identify 38 susceptibility loci for inflammatory bowel disease and highlight shared genetic risk across populations.

Liu JZ, van Sommeren S, Huang H, Ng SC, Alberts R, Takahashi A, Ripke S Lee J, Shah T, Abedian S, Cheon JH, Cho J, Dayani NE, Franke L, Fuyuno Y, Hart A Juyal R, Juyal G, Kim WH, Morris AP, Poustchi H, Newman WG, Midha V, Orchard T, Vahedi H, Sood A, Sung JY, Malekzadeh R, Westra HJ, Yamazaki K, Yang SK, The International Multiple Sclerosis Genetics Consortium, The International IBD Genetics Consortium, Barrett JC, Alizadeh BZ, Parkes M, Thelma BK, Daly MJ, Kubo M, Anderson CA, Weersma RK.

Nat Genet. 2015; 47: 979-86. FI: 31.616 (Q1).

RAD21 and APOB molecular defects in chronic instestinal pseudo-obstruction.

Bonora E, Bianco F, Cordeddu L, Bamshad M, Francescatto L, Dowless D, Stanghellini V, Cogliandro RF, Lindberg G, Mungans Z, Cefle K, Ozcelik T, Palanduz S, Ozturk S, Gedikbasis A, Gori A, Pippucci T, Graziano C, Volta U, Caio G, Barbara G, D’Amato M, Seri M, Katsanis N, Rome G, De Giorgio R.

Gastroenterology. 2015; 148: 771-82. FI: 18.187 (Q1).

Exploring the genetics of irritable bowel syndrome: a GWA study in the general population and replication in multi-national case-control cohorts.

Ek WE, Reznichenko A, Ripke S, Niesler B, Zucchelli M, Rivera NV, Schmidt PT, Pedersen NL, Magnusson P, Talley NJ, Holliday EG, Houghton L, Gazouli M, Karamanolis G, Rappold G, Burwinkel B, Surowy H, Rafter J, Assadi G, Li L, Papadaki E, Gambaccini D, Marchi S, Colucci R, Blandizzi C, Barbaro R, Karling P, Walter S, Ohlsson B, Tornblom H, Bresso F, Andreasson A, Dlugosz A, Simren M, Agreus L, Lindberg G, Boeckxstaens G, Bellini M, Stanghellini V, Barbara G, Daly MJ, Camilleri M, Wouters MM, D'Amato M.

Gut. 2015; 64: 1774-82. FI: 14.921 (Q1).

Increased serum levels of lipopolysaccharide and anti-flagellin antibodies in patients with diarrhea-predominant irritable bowel syndrome.

Dlugosz A, Nowak P, D’Amato M, Kermani GM, Nystrom J, Abdurahman S, Lindberg G.

Neurogastroenterol Motil. 2015; 27: 1747-54. FI: 3.310 (Q2).

Severe, gastrointestinal dysmotility developed after treatment with gonadotropin-releasing hormone analogs.

Cordeddu L, Bergvall M, Sand E, Roth B, Papadaki E, Li L, D’Amato M, Ohlsson B.

Scand J Immunol. 2015; 50:291-299. FI: 2.199 (Q3).

C13orf31 (FAMIN) is a central regulator of immunometabolic function.

Cader MZ, Boroviak K, Zhang Q, Assadi G, Kempster SL, Sewell GW, Saveljeva S, Ashcroft JW, Clare S, Mukhopadhyay S, Brown KP, Tschurtschenthaler M, Raine T, Doe B, Chilvers ER, Griffin JL, Kaneider NC, Floto RA, D'Amato M, Bradley A, Wakelam MJ, Dougan G, Kaser A.

Nat Immunol. 2016; 17: 1046-1056. FI: 21,506 (Q1).

A protein-truncating R179X variant in RNF186 confers protection against ulcerative colitis.

Rivas MA, Graham D, Sulem P, Stevens C, Desch AN, Goyette P, Gudbjartsson D, Ingileif T, Unnur D, Frauke M, Soeren K, Mitja I, Li D, D'Amato M, Annese V, Vermeire S, Weersma RK., Halfvarson J, Paavola-Sakki P, Lappalainen M, Lek M, Cummings B, Tukiainen T, Haritunians T, Halme L, Koskinen LL, Ananthakrishnan AN, Luo Y, Heap GA, Visschedijk MC, MacArthur DG, Neale BM, Ahmad T, Anderson CA, Brant SR, Duerr RH, Silverberg MS, Cho JH, Palotie A, Saavalainen P, Kontula K, Farkkila M, Dermot PB, Franke A, Stefansson K, Rioux JD, Ramnik J, Daly MJ, UK IBD Genetics Consortium, NIDDK IBD Genetics Consortium.

Nature Communications. 2016; 7: 12342-12342. FI: 12,124 (Q1).

Pathway-based Genome-wide Association Studies Reveal the Association Between Growth Factor Activity and Inflammatory Bowel Disease.

Li J, Wei Z, Chang X, Cardinale CJ, Kim CE, Baldassano RN, Hakonarson H.

Inflammatory Bowel Diseases. 2016; 22: 1540-1551. FI: 4,525 (Q1).

Analysis of five chronic inflammatory diseases identifies 27 new associations and highlights disease-specific patterns at shared loci.

Ellinghaus D, Jostins L, Spain SL, Cortes A, Bethune J, Han B, Park YR, Raychaudhuri S, Pouget JG, Huebenthal M, Folseraas T, Wang Y, Esko T, Metspalu A, Westra HJ, Franke L, Pers TH, Weersma RK, Collij V, D'Amato M, Halfvarson J, Jensen AB, Lieb W, Degenhardt F, Forstner AJ, Hofmann A, Schreiber S, Mrowietz U, Juran BD, Lazaridis KN, Brunak S, Dale AM, Trembath RC, Weidinger S, Weichenthal M, Ellinghaus E, Elder JT, Barker, NWN, Andreassen OA, McGovern DP, Karlsen TH, Barrett JC, Parkes M, Brown MA, Franke A, IIBDGC, IGAS, IPSCSG, GAPC, PAGE.

Nature Genetics. 2016; 48: 510-510. FI: 27,959 (Q1).

Revisiones

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Editoriales

Publicados: 0 / 0

Cartas

Publicados: 1 / 1

HLA Associations Distinguish Collagenous From Lymphocytic Colitis.

Westerlind H, Bonfiglio F, Mellander MR, Huebenthal M, Brynedal B, Bjork J, Torkvist L, Padyukov L, Ohlsson B, Lofberg R, Hultcrantz R, Franke A, Bresso F, D'Amato M.

American Journal Of Gastroenterology. 2016; 111: 1211-1213. FI: 9,566 (Q1).

Otros

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Proyectos

Proyectos 2 / 2

Variantes genéticas de los canales iónicos como factores de riesgo genético en el síndrome del intestino irritable.

Investigador Principal: Mauro D’Amato. Entidad Financiadora: Gobierno Vasco, Departamento de Salud. Año inicio: 2016. Año final: 2017.

IBD-Character: Inflammatory Bowel Disease Characterization by a Multi-Modal Integrated Biomarker Study.

Investigador Principal: Jack Satsangi, Edinburgh University. Entidad Financiadora: EU-FP7. Año inicio: 2013. Año final: 2016.

Patentes

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